Jakob Fabricius (właściwie Schmidt) urodził się 19 VII 1593 r. w Koszalinie. Był synem mieszczanina i szewca Joachima Schmidta oraz Elisabeth Witten. Oboje rodzice zmarli w 1630 r., w odstępie dziesięciu dni, dożywszy sędziwego wieku.
Środki na uczęszczanie do miejscowej szkoły Fabricius uzyskiwał udzielając lekcji innym uczniom. W wieku 18 lat wstąpił do szczecińskiego Pedagogium książęcego, następnie naukę kontynuował w Lubece, gdzie również był nauczycielem domowym. Po odbyciu podróży przez Holsztyn i Danię rozpoczął studia na uniwersytcie w Rostocku. Szczególnie chwalono jego znajomość hebrajskiego.
W 1616 r. został zatrudniony jako bakałarz w koszalińskiej szkole, od 1619 r. sprawował też urząd diakona. 18 I 1619 r. ożenił się z Esther Micraelius (*26 IV 1600 r., †5 XI 1665 r.). Po wysłuchaniu jednego z kazań Fabriciusa, książę Bogusław XIV mianował go w 1621 r. prepozytem i diakonem w Darłowie. Krótko po uroczystym wprowadzeniu na urząd musiał wracać z księciem do Szczecina, który po śmierci brata, księcia Franciszka I, objął rządy nad Księstwem Szczecińskim. 14 II 1621 r. Bogusław mianował go kaznodzieją nadwornym. Książę pośredniczył też w przyznaniu mu stopnia licencjata w 1625 r., a rok później (13 czerwca) doktora teologii przez uniwersytet w Greifswaldzie.
Od 29 I 1631 r. Fabricius towarzyszył Gustawowi II Adolfowi, na wyraźne żądanie szwedzkiego króla, w czasie kampanii w Niemczech jako superintendent polowy i spowiednik oraz dyrektor konsystorza polowego. Do jego obowiązków należało między innymi codzienne odprawianie porannego i wieczornego nabożeństwa przed monarchą. W tym czasie miał możliwość zobaczenia czysto katolickich miast, jak Würzburga, Moguncji, Minden, czy Augsburga. W tym ostatnim odprawił nawet ewangelicką mszę.
Zawiązał też wiele znajomości i przyjaźni z wybitnymi teologami. Po śmierci Gustava Adolfa wrócił na poprzedni urząd w Szczecinie. 18 IX 1634 r. został pierwszym i jedynym szwedzkim generalnym superintendentem Pomorza Tylnego, którą to godność sprawował również po wygaśnięciu dynastii książęcej, aż do swojej śmierci. 20 II 1641 r. otrzymał pastorat w kościele Mariackim i jednocześnie stanowisko po zmarłym pięć lat wcześniej Danielu Cramerze pierwszego profesora teologii w gimnazjum, którego rektorem był jego szwagier, historyk Johannes Micraelius. 12 października tego roku był konfirmowany przez królową Krystynę. W szóstą niedzielę po Wielkanocy 1642 r. na urzędy wprowadził go Johann Oxenstierna.
Fabricius zmarł w Szczecinie 11 VIII 1654 r. w wyniku doznanego trzy dni wcześniej udaru mózgu. Mowę pogrzebową (1 list do Koryntian 1:1-5) wygłosił pastor Balthasar Konsdorf z kościoła św. Piotra.
Z jego działalności literackiej najbardziej znane są polemiki, w których zwalczał poglądy lubeckiego kaznodziei Jakoba Stolterfoota na temat wizji. Poza tym jest autorem pewnej liczby pism egzegetycznych i homiletycznych.
